いさぽん公式WEBmercurialはファイルの更新履歴を保存したり、更新したファイルの情報をほかの人と共有するためのソフトウェアです。こうしたソフトウェアをバージョン管理ツールと呼びます。同様のツールではgitが有名ですがmercurialは比較的コマンドが少なく状態もわかりやすいという特徴があります。
バージョン情報を保存している場所をリポジトリと呼びます。mercurialではリポジトリの情報を .hg というディレクトリに格納します。つまり「.hg = リポジトリ」と思っても構いません。
自身のポジトリ(.hg)と同じバージョン情報を持っている別の場所にあるリポジトリをリモートリポジトリと言います。これは多くの場合はサーバーにあるリポジトリを指します。これに対してクローンとはリモートのクローン（複製）である、自身のリポジトリを指します。
実際のとことリモートとクローンの違いはなく、管理するうえでどちらを起点にするかという違いでしかありません。
リモートには他の作業者が作業した情報が保存されているかもしれません。リモートにある情報を自身のリポジトリ（クローン）に持ってくることをプルと言います。逆に自分の作業した情報をリモートに送ることをプッシュと言います。